本田2007年10月26日全面改进的“飞度”对发动机的冷却水流路也进行了改善。从水泵出来的冷却水先流经气缸体，然后再流向气缸头。这样能提高流速，促进热传递，不易形成温度高的部位，从而提高耐爆缸性。

原来采用的是将冷却缸体的水路和冷却缸头的水路并联起来的设计，冷却水从水泵出来后，水流被分成两支。而新发动机则将流路串联起来。从水泵出来的冷却水全部流向缸体。这是普通发动机使用的、称为“纵流”的流法。冷却液体从发动机前侧（凸轮链条一侧）流过吸气侧后，在发动机后端返回、流过排气侧。然后在发动机前端上行至气缸头，从前向后流过缸头。这样，冷却水就沿着纵方向在发动机上流了一个半来回。以上是主流路。由于缸体采用的是敞开式连接，因此还设置了与缸头连接的流路，虽然流量较小，但也有水流从缸体直接流向缸头。

从冷却热量来看，一般是缸头比缸体大，因此在赛车发动机中，有的也采用先流经缸头再流向缸体的设计。而飞度则不同，在设计时想到的是从水泵位置出来后首先经过的地方是缸体，因此决定先流经缸体。另外，先流经缸头还存在难以去除流路内气泡的问题。

排气歧管通过与铝合金缸头设计成一体、缩短与直下型催化剂间的距离，改善了冷车起动时的排气性能。歧管一般由耐热性高的铁类材料制造，虽说这部分较短，但此次改成了铝材料。通过在排气管的上下两侧穿过冷却水路来冷却排气。在冷车起动时，自动调温器就会工作、没有冷却水经过，不会阻碍催化剂的温度上升。待温度升高后，冷却水开始流过、进行冷却。直下型催化剂较为重视初始阶段，无法承受过高的高温。而原来散发到歧管外面的热量会传递到冷却水中，因此需要提高散热器的能力。（记者：浜田 基彦）